La segunda película de la esperada serie favorita de los fans Thunderbolt. La Tierra, ocho meses después del final de la Guerra de un Año. La capitana Monica lanza una misión secreta, "Operación Thunderbolt", y selecciona a Io para pilotar el Atlas Gundam. Ella lidera el buque de asalto anfibio Spartan hacia una parte del océano efectivamente controlada por la Alianza de los Mares del Sur. Su objetivo es asegurar o destruir los datos del Psycho Zaku, que ahora posee la Alianza. Daryl, que tomó la delantera en su batalla con Io, ha descendido a la Tierra como parte de las fuerzas residuales del Principado de Zeon. También ha recibido la misión de obtener información sobre el Psycho Zaku. Luchando junto a sus nuevos compañeros, Io se encuentra con el comandante Peer, comandante de la guarnición de frontera de la Alianza de los Mares del Sur. En el mar, en el campo de hielo y en la densa jungla, los trajes móviles de Zeon, la Federación y la Alianza de los Mares del Sur se enfrentan entre sí. "La guerra todavía no ha terminado".