SPEC: Zero

La estudiante de instituto Saya Toma perdió a sus padres y a su hermano menor en un accidente de avión. El detective Akio Kondo se presentó y le dijo: "tu familia tiene una alta posibilidad de que fuera asesinada por personas que tienen spec". Fue la primera vez que escuchó hablar de "spec". 6 años después, Saya Toma, que nunca ha olvidado lo que el detective dijo, decide convertirse en detective. Regresa a Japón después de recibir entrenamiento del FBI en Estados Unidos. A Saya Toma se le asigna trabajar en casos sin resolver en la Oficina de Seguridad Pública. Mientras tanto, debido al plan de Satoshi Chii, Juichi Ninomae considera a Saya Toma enemiga de sus padres y trata de empujarla al límite. El plan de Satoshi Chii también ha hecho que Saya Toma y Juichi Ninomae olviden que son hermano y hermana. Los hermanos se dirigen hacia una lucha de alto riesgo. Una chica llamada Maho Ueno se ve involucrada en su lucha. Para proteger a Maho Ueno, Saya Toma utiliza "spec".